La storia è ambientata nello stesso mondo di Negima ma ad alcuni decenni di distanza nel futuro dalla conclusione delle avventure di Negi e compagne. In un tranquillo villaggio di campagna il giovane Touta vive tranquillamente con la professoressa Yukihime che lo ha adottato dopo la morte dei suoi genitori. In seguito ad alcuni eventi, Touta si imbarca in un lunga avventura per reggiungere la capitale Neo Tokyo, crocevia degli eventi mondiali e dellesplorazione nello spazio. Un viaggio ricco di avventure visto che Yukihime in realtà è nientemeno che la vampira immortale Evangeline Mc. Dowell.