Kumashiro Maya eredita nell'anno 1999 alla morte del padre la Waldstein Academy, un'accademia conosciuta anche come l'accademia dell' occulto. Questa appariscente struttura è situata sul Monte Minakami nella prefettura di Nagano. Pur essendo più simile ad una gigantesca fortezza che ad un vero istituto, all'interno dell'accademia fatti assurdi inspiegabili dalla mente umana sono all'ordine del giorno e gli studenti sono tenuti a seguire lezioni sul paranormale. Maya odia l'accademia e tutto ciò che ha a che vedere con l'occulto, poiché suo padre trascorreva gran parte del suo tempo con le ricerche di quest'ultime anziché dedicarlo alla sua famiglia. Tuttavia un giorno farà l'incontro con il misterioso Fumiaki Uchida, un time agent proveniente dal 2012, che ha come missione quello di impedire l'avverarsi delle profezie di Nostradamus…