La storia del gioco è ambientata nella Heavenly Host (天神小学校 Tenjin Shōgakkō?), una scuola elementare che è stata teatro della morte e della sparizione di numerosi studenti e insegnanti. Allinizio del videogioco, unaltra scuola chiamata Kisaragi Academy (如月学園 Kisaragi Gakuen?) è stata costruita nel posto in cui un tempo sorgeva la scuola elementare. Una notte, un gruppo di studenti della Kisaragi si stanno raccontando storie di fantasmi relative alla vecchia scuola. I ragazzi infine praticano un rituale trovato su internet affinché la loro amicizia duri per sempre, ma finiscono per essere trasportati da un misterioso terremoto in unaltra dimensione, in cui la scuola Heavenly Host esiste ancora, ed è infestata dai fantasmi dei bambini che vi hanno perso la vita. Il giocatore controlla il gruppo di studenti della Kisaragi Academy e deve tentare di farli sopravvivere alle forze sovrannaturali che infestano la scuola e trovare il modo di tornare al loro tempo.