La storia si svolge in Inghilterra dopo la prima guerra mondiale. Dopo la morte di suo nonno, Hugh Anthony Disward, anche conosciuto come Huey, riceve in eredità una misteriosa chiave e secondo le volontà del defunto, dovrà divenire il custode della Bibliotheca Mystica de Dantalian allo scopo di poter prendere possesso di tutte le proprietà del defunto parente. Dopo aver conosciuto Dalian, una bambina che vive nella tenuta del nonno, Huey scopre di essere la custode degli archivi che contengono la conoscenza proibita contenuta in migliaia di libri di magia chiamati libri fantasma. Dopo aver accettato di diventare il nuovo possessore delle chiavi di Dalian, Huey aiuterà la bambina nelle investigazioni sugli incidenti che hanno riguardato persone che hanno avuto a che fare con i libri fantasma, la maggior parte dei quali con conseguenze tragiche. Huey infatti in quanto custode delle chiavi di Dalian è stato investito del potere di sigillare il potere del libri fantasma e ripristinare lordine della zona colpita.