Yugi Muto non ha amici ed è continuamente vessato da due bulli: Jonouchi e Honda. Un giorno, dopo la scuola, il capo dei moralisti vorrebbe punire Jonouchi e Honda per i loro atti di bullismo contro Yugi. Dapprima sembra avere unaria bonaria, dicendo a Yugi che non deve farsi trattare in quel modo e che lui può proteggerlo, ma si scoprirà che in realtà vuole soltanto farsi pagare per il suo lavoretto. Yugi si frappone tra il ragazzaccio ed Jono e Honda, venendo pestato al loro posto... da allora diventerà grande amico dei due. Yugi ha da tempo un puzzle misterioso, regalatogli dal nonno Sugoroku Muto, che lo trovò anni fa quando ancora cacciava i tesori in Egitto. Si dice che nessuno è mai riuscito a ricomporre quel puzzle, ma quel giorno, tornando a casa da scuola tutto preoccupato per non avere i soldi da pagare, Yugi ha come unilluminazione e riesce a ricomporlo in una sola volta. Da allora si scopre che il puzzle ha in realtà lo spirito di un faraone dentro di sé, ed in certe occasioni si manifesta tramite Yugi. Laspetto fisico del ragazzo non cambia di molto, ma il suo sguardo diventa più aggressivo e rude. Anche il vestito è un po differente: inizialmente sarà come la divisa scolastica ma con delle decorazioni egizie. Più avanti i vestiti cambieranno ogni tanto.