Il manga narra le avventure di un gruppo di ragazzi giapponesi (Seiya, Shiryu, Hyoga, Shun e Ikki) allenatesi per diventare Saint, ossia guerrieri consacrati alla dea Atena che sin dai tempi del mito lottano per proteggere la dea, lumanità e il pianeta Terra dagli attacchi delle altre divinità, vestendo speciali armature sacre chiamate Cloth che rappresentano le 88 costellazioni moderne. La trama del manga si divide in tre parti chiamate rispettivamente The Sanctuary, The Poseidon e The Hades. Nella prima parte i cinque giovani protagonisti devono aiutare la giovane reincarnazione di Atena (Saori Kido) a riconquistare il suo Santuario, poiché tredici anni prima il legittimo Grande Sacerdote della dea fu ucciso dal Saint dei Gemelli, il quale cercò anche di uccidere la neonata in cui la divinità si era appena reincarnata per poter inseguito dominare il mondo. Altri nemici di questa prima parte sono i Black Saint guidati da Ikki (inizialmente avverso agli altri protagonisti), e successivamente i Silver Saint ed i Gold Saint agli ordini di Saga. Nella seconda parte i cinque Saint ed Atena devono invece combattere contro il dio del mare Poseidone e i suoi guerrieri Marine, intenzionati a purificare la Terra da unumanità corrotta attraverso un nuovo Diluvio Universale. Il terzo capitolo vede invece la battaglia di Atena e dei suoi guerrieri contro il dio delloltretomba Hades (presentato come vero nemico della dea) che come Poseidone vuole sterminare lumanità) aiutato dai suoi guerrieri infernali, gli Specter.