La storia si svolge nel 2013: dopo una grande guerra che ha devastato il mondo, lumanità si è rifugiata in sei grandi città stato. Nella città ideale e perfetta (ma dove la sorveglianza e il controllo delle autorità è assoluta) conosciuta come No. 6 vive Shion, un ragazzo di 12 anni cresciuto fino ad allora in un ambiente privilegiato e délite, grazie ai suoi brillanti risultati accademici. Nella notte del suo dodicesimo compleanno la vita di Shion cambia radicalmente, quando si trova ad ospitare e dar rifugio ad un altro ragazzo della sua stessa età, Nezumi, fuggito da un laboratorio di ricerca. Dopo una notte trascorsa insieme, la mattina successiva Nezumi scompare nel nulla, senza lasciare la benché minima traccia. Per aver aiutato il fuggiasco, Shion e la sua famiglia vengono incolpati e privati dei loro privilegi. Quattro anni dopo, Shion viene coinvolto in una serie di incidenti inspiegabili che sembrano accadere attorno a lui: una mortale infezione causata inizialmente da alcune sconosciute api parassite fa invecchiare e decomporre con velocità le vittime colpite. Un collega di lavoro di Shion risulta essere una delle vittime e lo stesso ragazzo viene arrestato perché sospettato domicidio e di aver infranto le regole delle città: mentre il giovane sta per esser trasferito allistituto di pena, Nezumi compare e lo salva. Assieme, i due cominciano a scoprire così la verità che si cela dietro lapparente superficie di perfezione della cosiddetta città ideale.