Baki è generalmente un felice studente con uno strano hobby; adora combattere. Più precisamente, gli piace combattere in un torneo di arti marziali segreto dove vengono radunati i migliori lottatori di tutto il mondo. New Grappler Baki riparte da dove si era fermata la serie originale. Come nuovo campione del Torneo, se la prende comoda come al solito, fino a quando la notizia che cinque pericolosissimi criminali, assassini e maestri darti marziali sono evasi dalle proprie prigioni e sono ora diretti in Giappone. Baki i suoi amici dovranno occuparsene prima che siano loro a rimanere uccisi. New Grappler Baki introduce nuovi personaggi, nuove tecniche, e comincia a risolvere leterno conflitto tra Baki e suo padre.