La narrazione ruota attorno al protagonista Battōsai Himura (parzialmente basato sul personaggio storico dellhitokiri Kawakami Gensai), spietato assassino, che a metà 1800 contribuì alla fine dello Shogunato Tokugawa, sul trono da 200 anni, e allavvento del periodo Meiji. In seguito allinsediamento del nuovo governo, Battōsai scompare per tornare sotto nuovo nome: Kenshin. Ora viaggia con una sakabato (la lama della katana, con un solo filo, anziché essere rivolta verso lavversario, risiede sul lato opposto), e il suo obiettivo sta nel proteggere le persone che incontra dalle ingiustizie. Nel suo viaggio, Kenshin si troverà coinvolto in combattimenti con samurai che non apprezzano il nuovo stile di vita pacifico (nella nuova era Meiji non è più permesso nemmeno a un samurai di portare la spada) e in complotti che cercano di restaurare la vecchia società feudale