La storia di Kanokon ruota intorno a Kouta Oyamada, uno studente al primo anno delle scuole superiori, trasferitosi dalla campagna alla grande città, ed iscrittosi alla [jap]Kunpō High School. Al suo primo giorno nella nuova scuola, Kouta incontra la bellissima studentessa del secondo anno, Chizuru Minamoto. Dopo lincontro fra i due, la storia si sposta avanti di un imprecisato periodo di tempo. Durante questo lasso di tempo, i due ragazzi sembrano essere diventati buoni amici, al punto che Chizuru Minamoto chiede al ragazzo si incontrarla da solo nellaula di musica a scuola. Quando Kouta si presenta allappuntamento, la ragazza dichiara il proprio amore a Kouta, oltre a rivelargli la sua vera identità di spirito di volpe. Da quel momento in poi, Chizuru approccia Kouta con avances sessuali sempre più esplicite, che non fanno altro che mettere sempre più in imbarazzo il ragazzo. Da lì a pochissimo tempo, una divinità lupo, sotto le sembianze di una ragazza chiamata Nozomu Ezomori si è trasferita nella classe di Kouta. Anche Nozomu ha le stesse intenzioni di Chizuru e tenta in tutti i modi di sedurre Kouta. Fra le due ragazze si crerà immediatamente una fortissima competizione, per chi conquisterà il cuore di Kouta.