A causa della riqualificazione di un giardino, viene tagliato un albero sacro chiamato Kannagi (vedi nota a fine recensione). Jin Mikuriya, al primo anno delle superiori, fa parte dello strampalato club di arte e aspira a diventare bravo come Daitetsu Hibiki, un suo amico che ha larte nel sangue. Prendendo da Daitetsu un pezzo di tronco dellalbero sacro, Jin crea una statua dalle sembianze umane per il festival della scuola. Una mattina per sua sfortuna e fortuna, la statua prende vita e si trasforma in una bellissima ragazza che sembra essere coetanea di Jin, ma con un carattere molto particolare. Essa è, Nagi, una Dea della natura venuta nel mondo per togliere tutte le impurità presenti in esso. Jin incredulo, fa fatica a capire la situazione e lunica cosa che può fare è riportare la ragazza dallalbero sacro, così che si ricongiunga con esso. Purtroppo Nagi vedendo lalbero tagliato si arrabbia moltissimo e lunica soluzione che trova è scacciare tutte le impurità della città vivendo a casa di Jin. I due inizieranno una convivenza difficile, soprattutto per Jin che dovrà mentire continuamente ai suoi amici del club di arte e alla sua amica dinfanzia Tsugumi Aoba. Inizia una storia tra magia, sentimenti e umorismo che metteranno in difficoltà Jin e scaveranno nel passato di Nagi.