La storia racconta di un gruppo di sette bambini che, mentre si trovano al campo estivo, si ritrovano improvvisamente a Digiworld, mondo abitato da creature conosciute come Digimon, dove i sette scoprono di essere i Digiprescelti e di essere costretti a salvare sia il mondo digitale sia quello reale dal male. Ad ogni bambino viene consegnato un Digivice, ognuno dei quali aveva selezionato il proprio prescelto, trasportandolo a Digiworld, e forma un legame speciale con un Digimon particolare, che diverrà il suo partner, così che Tai ad esempio è in coppia con Agumon, mentre Matt ha come Digimon partner Gabumon. I bambini vengono aiutati da uno particolare entità digitale chiamata Gennai, che li aiuta tramite degli ologrammi. I Digivice aiutano i Digimon loro alleati a digievolvere in creature più forti durante i momenti di pericolo. I Digimon spesso raggiungono forme più potenti quando i loro partner umani si trovano in situazioni pericolose, ad esempio combattendo le forze del male rappresentate da Devimon, Etemon e Myotismon. Il gruppo dei Digiprescelti consisteva inizialmente di sette bambini: Tai Kamiya, Matt Ishida, Sora Takenouchi, Izzy Izumi, Mimi Tachikawa, Joe Kido e TK Takaishi, fratellino di Matt. Successivamente, durante lo svolgersi della serie, un ottavo bambino si aggiunge al gruppo: si tratta di Kari Kamiya, sorella minore di Tai.