La storia si focalizza su un particolare Titan Test Team: il Black Rabbit Team e ne segue le missioni durante le quali vengono messi alla prova nuovi mobile suit per i Titans. Tutto inizia quando Eliard Hunter, pilota di mobile suit della Federazione Terrestre, viene assegnato al corpo dei Titans e trasferito sulla Aswan, una nave di classe Alexandria. Durante il suo nuovo incarico incontra Carl Matsubara, anchegli appena reclutato dai Titans, Audrey April abile pilota, capo delle operazioni di collaudo e raccolta dati e Wes Murphy un veterano della Guerra di un Anno e del Conflitto di Delaz. Il Black Rabbit team non si occupa solamente di effettuare le prove di collaudo, partecipa anche in azioni di combattimento contro gli irriducibili di Zeon e più avanti nella storia contro lAEUG.