Kobato è una misteriosa ragazzina molto dolce e spensierata, ma anche estremamente innocente e sprovveduta riguardo al mondo intorno a lei. La sua missione è quella di riempire una misteriosa bottiglietta di konpeito, ossia confetti simili a stelle di zucchero, che compaiono ogni qual volta la ragazzina riesce a sollevare lanimo di qualcuno da una qualche sofferenza. Solo compiendo questa missione il suo desiderio di riuscire a raggiungere un misterioso posto potrà essere realizzato.