In un prossimo futuro un gruppo di ingegneri giapponesi é riuscito a creare un potentissimo esoscheletro chiamato Infinite Stratos (IS). Avendo delle capacità di combattimento molto più avanzate delle armi convenzionali lIS rischia così di destabilizzare gli equilibri mondiali. Di fronte ad unarma così potente le nazioni decidono di siglare lAlaska Treaty, un accordo in cui si impegnano a non utilizzare gli IS come strumenti militari e che la già esistente tecnologia venga equamente distribuita tra tutti gli stati mondiali così che nessuno possa dominare sugli altri. Con lintroduzione degli IS però lequilibrio sociale viene completamente stravolto, infatti gli IS possono essere pilotati solo da donne e questo fatto le porta a ricoprire quasi tutte le cariche più importanti estromettendo di fatto gli uomini. Dieci anni dopo linvenzione del primo IS il mondo è entrato in una nuova era di pace. Questa pace però è stravolta da una sconvolgente scoperta: per la prima volta un ragazzo giapponese di nome Ichika Orimura è stato in grado di comandare un IS. Il governo giapponese non si lascia sfuggire loccasione e decide di obbligare il ragazzo ad iscriversi alla prestigiosa Infinite Stratos Academy, unaccademia internazionale dove si riuniscono i migliori piloti di IS di tutto il mondo per essere allenati. La nuova vita di Ichika, in una scuola in cui è circondato da sole ragazze, ha così inizio.