Hen presenta sostanzialmente due storie intrecciate fra di loro, entrambe focalizzate sui sentimenti e sulle relazioni dei personaggi ed entrambe caratterizzate dalla presenza di un fattore comune: la scoperta della propria omosessualità latente da parte dei due protagonisti del manga, Chizuru Yoshida e Ichirō Suzuki. Chizuru Yoshida è una normale ragazza del liceo, dalla spiccata sensualità ed enorme popolarità fra gli studenti della sua età dovuta anche dalla generosità del suo seno, che tuttavia si ritrova innamorata in maniera del tutto inattesa e non preventivata di una ragazzina appena trasferitasi con la madre da Fukuoka: l'innocente Azumi Yamada. Di per contro, la situazione di Suzuki sembra essere lo specchio al maschile della situazione di Chizuru. Egli è infatti un ragazzo eterosessuale, piuttosto popolare fra gli studenti della sua scuola e con un nutrito gruppo di ammiratrici, che tuttavia si ritrova a sua volta innamorato di un altro ragazzo, Yūki Sato, al punto da arrivare a convincersi che in realtà leffeminato Sato sia una ragazza intrappolata in un corpo maschile.