La storia si svolge nella città di Edo, lattuale Tokyo, in Giappone. Questa città viene invasa da degli alieni chiamati Amanto sin dal periodo Edo. I samurai giapponesi sono ormai caduti, e gli Amanto hanno posto il divieto di portare le katane in pubblico. La trama si concentra su un eccentrico samurai, Sakata Gintoki, il suo (parziale) apprendista Shimura Shinpachi, e una giovane aliena, Kagura. Tutti e tre sono dei liberi professionisti che cercano lavoro per pagare l?affitto mensile, cosa che solitamente non accade.