Sakura, una giovane alunna delle elementari, si deve separare dalla sua migliore amica, Hotaru, la quale per la sua genialità è stata accettata in una scuola di prestigio, la Gakuen Alice (Accademia Alice). Ma i contatti sono rari e per 6 mesi Sakura non ha notizie dall'amica, fino a quando un giorno scopre che in realtà Hotaru si era trasferita per poter mantenere la scuola che frequentava prima. Sakura decide di seguire l'amica, scappando di casa e iscrivendosi alla Gakuen Alice. Qui scopre che in realtà L'alice è una accademia per ragazzi dotati di poteri speciali, e che lei stessa ne è inconsciamento in possesso di uno di questi, ovvero il tipo nullificazione, che le permette di annullare qualsiasi altro alice. Ma del suo potere si accorge anche un ragazzo, considerato da tutti il più pericoloso della scuola per via del suo Alice e del suo carattere violento, che non esita a metterla alla prova...