Nel terzo millennio, il governo giapponese deve tener fronte ad un crollo dellistituzione scolastica e decide così di abolire il Ministero della Pubblica Istruzione, in favore del Ministero Disciplinare Scolastico. Questa istituzione serve per controllare londata di criminalità e violenza che dilaga tra i giovani, utilizzando come strumento di terrore il liceo Kyokujito, un istituto di detenzione e recupero posto tra le province di Yamanashi e Nagano. Kyokujito, chiamato dagli studenti giapponesi Yosai Gakuen (che tradotto significa la scuola fortezza), più che un liceo è un carcere riformatorio dalla forma di un esagramma, posto al di sopra di un altipiano, circondato da dirupi scoscesi e una foresta popolata da bestie feroci e affamate. Allinterno di questo istituto vale la legge del più forte e, in caso di comportamenti indisciplinati, agli studenti vengono inflitte severe punizioni corporali, atroci torture fisiche e in alcuni casi può sovvenire anche la pena di morte. A tenere le redini di Kyokujito sono il feroce corpo insegnanti e la Commissione Disciplinare, composta dagli studenti più meritevoli dellistituto. I professori hanno diritto di vita e di morte sugli studenti e le loro lezioni non hanno nulla di accademico. Ad aggravare la situazione cè una legge non scritta e non detta che grava sulle teste degli studenti e li terrorizza quotidianamente: se uno degli studenti dovesse trasgredire questa legge la pena è capitale. In realtà, listituto Kyokujito è una copertura per i loschi esperimenti del preside Masamitsu Kuonji, che usa gli studenti del liceo come cavie per i suoi esperimenti genetici, atti a creare delle nuove creature mostruose facendo leva sulle preziose informazioni contenute nel DNA umano per dare nuova vita a degli animali preistorici.