Tutto inizia alla fine delle vicende dellanime, ossia alla conclusione del film The End of Evangelion: Shinji sta strangolando Asuka accanto al mare di LCL quando una carezza della ragazza lo fa tornare in sé. A quel punto Shinji si dispera e, come se tutto fosse soltanto un sogno, si ritrova catapultato indietro nel tempo, svegliandosi in un letto di ospedale della NERV il giorno prima della battaglia contro langelo Bardiel. Shinji scopre ben presto che quello che crede soltanto un sogno ha invece radici molto più profonde ma, per evitare che le cose finiscano come lultima volta, decide di vivere diversamente questa seconda possibilità di vita, diventando più dinamico e meno passivo nei confronti degli altri. Come reagiranno le persone che gli stanno intorno di fronte a questo netto cambiamento di carattere di Shinji? Come evolveranno gli eventi della sua vita adesso? E quello che ha vissuto è stato davvero soltanto un semplice sogno premonitore? Tutto questo è Evangelion: Re-Take!